Недоработка в Python-скрипте могла привести к неверным результатам в более 100 публикациях по химии
13 октября 2019 года
Аспирант гавайского университета обнаружил проблему в Python-скрипте, используемом для вычислений химического сдвига, определяющего химическое строение изучаемого вещества при спектральном анализе сигналов методом ядерного-магнитного резонанса. В ходе верификации результатов исследований одного из своих профессоров аспирант заметил, что при выполнении скрипта в разных операционных системах над одним и тем же набором данных на выходе получался разный результат.
Например, при запуске в macOS 10.14 и Ubuntu 16.04 для протестированного набора данных скрипт выдавал некорректное значение 172.4 вместо 173.2. Скрипт включает около 1000 строк кода и используется химиками с 2014 года. Изучение кода показало, что вывод неверного значения обусловлен отличиями при сортировке файлов в разных операционных системах. Авторы скрипта полагали, что функция "glob()" всегда возвращает файлы, отcортированные по имени, в то время как в документации на glob указано, что порядок вывода не гарантируется. Исправление свелось к добавлению list_of_files.sort() после вызова glob().
Обнаруженная проблема поставила под сомнение корректность более 100 публикаций по химии, выводы в которых были сделаны на основе вычисленного скриптом химического сдвига. Точное число исследований, в которых использовался скрипт неизвестно, но публикация с его кодом процитирована в 158 работах. Авторам данных работ рекомендовано оценить корректность работы скрипта на применявшихся для вычисления операционных системах и провести перерасчёт для того, чтобы убедиться в правильности вычисленных значений. Инцидент является прекрасным примером того, что не только качество проведения эксперимента, но и корректность обработки полученных данных в программах, которые до этого повсеместно использовались, может повлиять на конечный результат.
Источники править
Любой участник может оформить статью: добавить иллюстрации, викифицировать, заполнить шаблоны и добавить категории.
Любой редактор может снять этот шаблон после оформления и проверки.
Комментарии
Если вы хотите сообщить о проблеме в статье (например, фактическая ошибка и т. д.), пожалуйста, используйте обычную страницу обсуждения.
Комментарии на этой странице могут не соответствовать политике нейтральной точки зрения, однако, пожалуйста, придерживайтесь темы и попытайтесь избежать брани, оскорбительных или подстрекательных комментариев. Попробуйте написать такие комментарии, которые заставят задуматься, будут проницательными или спорными. Цивилизованная дискуссия и вежливый спор делают страницу комментариев дружелюбным местом. Пожалуйста, подумайте об этом.
Несколько советов по оформлению реплик:
- Новые темы начинайте, пожалуйста, снизу.
- Используйте символ звёздочки «*» в начале строки для начала новой темы. Далее пишите свой текст.
- Для ответа в начале строки укажите на одну звёздочку больше, чем в предыдущей реплике.
- Пожалуйста, подписывайте все свои сообщения, используя четыре тильды (~~~~). При предварительном просмотре и сохранении они будут автоматически заменены на ваше имя и дату.
Обращаем ваше внимание, что комментарии не предназначены для размещения ссылок на внешние ресурсы не по теме статьи, которые могут быть удалены или скрыты любым участником. Тем не менее, на странице комментариев вы можете сообщить о статьях в СМИ, которые ссылаются на эту заметку, а также о её обсуждении на сторонних ресурсах.